企业并购，伴随着优势当然也会有风险，企业在经营过程中，总会在不同时期遇到不同的风险，当然，企业并购亦是如此。

首先是营运风险，企业并购完成后，可能并不会产生协同效应，并购双方资源难以实现共享互补，甚至会出现规模不经济，整个企业反而可能会被被并购企业拖累。

其次，是反收购风险，即被并购企业的反收购对企业并购有多大成功的可能性起到了很大作用，企业在并购过程中有可能遭到被并购企业的抗拒，一旦演化成敌意并购，被并购企业就会不惜一切代价设置障碍，从而增加收购成本，甚至有可能导致并购失败。

最后是安置被并购企业员工风险，企业实施并购时，并购方往往会被要求安置被并购方的员工，或者支付相关成本，如果并购方处理不当，往往会因此背上沉重的包袱，增加其管理成本和经营成本。又由于狭隘的自利性，或者误解和沟通的缺乏，企业自身员工也可能会产生抵触。

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